Justičná akadémia sa riadi okrem zákona č. 548/2003 Z. z. aj štatútom a organizačným poriadkom Justičnej akadémie, ktoré upravujú právomoci jednotlivých organizačných súčastí zriadených v Justičnej akedémii. V súčasnosti pracuje v Justičnej akadémiii celkovo 33 zamestnancov, ktorých status je upravený v zákone č. 552/2003 Z. z. o výkone práce vo verejnom záujme. Z uvedeného počtu pôsobí 19 zamestnancov na detašovanom pracovisku Justičnej akadémie v Omšení a 14 zamestnancov v sídle akadémie v Pezinku.
Justičná akadémia sa člení na tieto základné organizačné zložky:
a) riaditeľ
c) kancelária akadémie
d) katedry práva
e) útvar ekonomiky a vnútornej správy
f) detašované pracovisko Justičnej akadémie
g) regionálne učebne Justičnej akadémie v sídlach krajských súdov, resp. krajských prokuratúr