Združenie sudcov Slovenska (ZSS) od roku 1995 začalo presadzovať ideu založenia nezávislej sudcovskej vzdelávacej inštitúcie. Výkonný výbor ZSS sa snažil presadiť túto ideu na pôde Ministerstva spravodlivosti Slovenskej republiky opakovane v priebehu rokov 1996 až 2003, avšak prvým konkrétnym úspechom bol až prísľub ministra spravodlivosti na medzinárodnej konferencii, ktorá sa konala v júni 2001 v Dunajskej Strede, že podporí vznik nezávislej sudcovskej akadémie. Dovtedy sa myšlienka sudcovskej akadémie zo strany výkonnej moci odmietala alebo bola akceptovaná len pro forma. S podporou ZSS, sudcov samotných, ako aj viacerých medzinárodných inštitúcií (Rada Európy, Európska komisia, Medzinárodné združenie sudcov, Holandský helsinský výbor, ABA CEELI, British Know-How Fund) nakoniec došlo k tomu, že výkonný výbor ZSS v spolupráci s legislatívnym výborom ZSS pripravili návrh zákona o Justičnej akadémii Slovenskej republiky, ktorý bol predložený ministerstvu spravodlivosti.
Výsledkom dlhoročného snaženia bolo schválenie zákona o Justičnej akadémii Národnou radou Slovenskej republiky na jej zasadnutí dňa 4. decembra 2003, ktorý bol publikovaný v Zbierke zákonov pod č. 548/2003 Z. z. Podľa tohto zákona začala Justičná akadémia svoju činnosť od 1. septembra 2004.
Justičná akadémia je nezávislou vzdelávaciou inštitúciou s celoštátnou pôsobnosťou, ktorá zabezpečuje organizuje a vykonáva vzdelávanie sudcov, prokurátorov a súdnych úradníkov. Bola zriadená zákonom ako samostatná právnická osoba, ktorá je rozpočtovou organizáciou Ministerstva spravodlivosti Slovenskej republiky a hospodári s prostriedkami účelovo určenými v štátnom rozpočte na vzdelávanie sudcov, prokurátorov a súdnych úradníkov.
Orgánmi Justičnej akadémie sú rada a riaditeľ akadémie. Najvyšším orgánom je Rada Justičnej akadémie, ktorá riadi po odbornej stránke vzdelávaciu činnosť akadémie, schvaľuje návrh rozpočtu akadémie a navrhuje ministrovi spravodlivosti kandidáta na funkciu riaditeľa. Rada Justičnej akadémie má 10 členov.
Štatutárnym orgánom akadémie je riaditeľ, ktorého na návrh rady vymenúva a odvoláva minister spravodlivosti na funkčné obdobie 5 rokov. Riaditeľ vymenúva na návrh rady zástupcu riaditeľa taktiež na funkčné obdobie 5 rokov tak, aby v prípade, ak je riaditeľom sudca, bol zástupcom prokurátor a naopak.
Justičná akadémia zabezpečuje vzdelávacie podujatia prostredníctvom svojich zamestnancov a pedagogického zboru podľa schváleného ročného študijného plánu (akademický plán). Pedagogický zbor má vedúcich katedier a externých členov. V súčasnosti pôsobí v Justičnej akadémii 1 vedúci katedry.
Po organizačných zmenách sa z pôvodných 4 katedier práva vytvorili súčasné 3 katedry práva a to:
Externými členmi pedagogického zboru sú najmä sudcovia, prokurátori a odborníci z akademického prostredia, ktorí sú do pedagogického zboru prijímaní radou Justičnej akadémie na základe kritérií stanovených radou. V súčasnosti má Justičná akadémia 91 externých členov pedagogického zboru.
Administratívne sídlo Justičnej akadémie sa nachádza v Pezinku, kde sa vykonávajú aj niektoré vybrané vzdelávacie aktivity. Väčšina vzdelávacích podujatí akadémie sa uskutočňuje v moderne vybavenej budove detašovaného pracoviska Justičnej akadémie v Omšení pri Trenčianskych Tepliciach, ktorej prevádzka bola oficiálne spustená dňa 20. marca 2008.
Činnosť akadémie sa riadi okrem zákona aj štatútom a organizačným poriadkom Justičnej akadémie, ktorý upravuje postavenie, právomoci a úlohy jednotlivých organizačných zložiek zriadených v rámci Justičnej akadémie.
V súčasnosti pracuje v Justičnej akadémii 33 zamestnancov, ktorých status je upravený v zákone č. 552/2003 Z. z. o výkone práce vo verejnom záujme. Z tohto počtu pôsobí 19 zamestnancov v detašovanom pracovisku Justičnej akadémie v Omšení a 14 zamestnancov pôsobí v sídle akadémie v Pezinku.
Justičná akadémia okrem organizovania celoživotného vzdelávania sudcov a prokurátorov pripravuje a následne overuje vedomosti a odborné predpoklady čakateľov prokuratúry a vyšších súdnych úradníkov potrebné na výkon funkcie sudcu alebo prokurátora vykonaním odbornej justičnej skúšky. Akadémie ďalej v súlade s ust. § 3 odsek 4 zákona č. 548/2003 Z. z. o Justičnej akadémii vytvára, spravuje a chráni databázu súdnych spisov z oblasti trestného práva, správneho práva, pracovného práva, rodinného práva, obchodného práva a občianskeho práva, ktorá sa využíva jednak pri výberových konaniach na obsadenie voľného miesta sudcu podľa zásad pre výberové konania schválených Súdnou radou, ako aj pri písomnej časti odbornej justičnej skúšky.
V rámci medzinárodných aktivít sa Justičná akadémia stala členom medzinárodných združení justičných škôl a to Lisabonskej siete v rámci Rady Európy a Európskej justičnej vzdelávacej siete (EJTN) pôsobiacej v rámci Európskej únie.
Justičná akadémia podpísala medzinárodné dohody o spolupráci s týmito zahraničnými partnermi: