Zástupca riaditeľa Justičnej akadémie Slovenskej republiky zastupuje riaditeľa akadémie v čase jeho neprítomnosti. Riaditeľ môže poveriť aj v iných prípadoch svojho zástupcu, aby ho zastupoval v rozsahu jeho práv a povinností.
Zástupcu riaditeľa vymenúva riaditeľ na päť rokov na návrh Rady Justičnej akadémie tak, aby v prípade, ak je riaditeľom sudca, bol zástupcom riaditeľa prokurátor a naopak. Rada navrhne riaditeľovi kandidáta na funkciu zástupcu riaditeľa na základe výsledkov výberového konania.
Zástupcom riaditeľa Justičnej akadémie SR je od 01.01.2011 JUDr. Dagmar Papcunová
Vo funkcii zástupcu riaditeľa Justičnej akadémie pôsobili:
JUDr. Viera Bolebruchová